Masarykova základní škola je jedním z partnerů projektu Pedagogické fakulty ZČU Cesty k inkluzi. Jeho cílem jsou změny a nové možnosti v přístupu k žákům s potřebou podpůrných opatření při respektování odlišností každého dítěte na vzdělávání ve škole hlavního vzdělávacího proudu. Dále pak prevence školní neúspěšnosti znevýhodněných dětí a posílení spolupráce mezi školami, rodinami a neziskovými organizacemi. Díky projektu škola realizuje kroužky a doučování pro žáky, vzdělávací kurzy pro pedagogy, budou posíleny služby školních poradenských pracovišť, podpoří se sdílení dobré praxe.